EQUINOX LIBRARY AMPLIFICATION KITS: 常见问题解答

产品

Equinox 文库扩增试剂盒有哪些主要应用？

Our Equinox® Library Amplification Kit has been specifically optimized for efficient NGS library amplification from a wide range of template amounts (0.1 pg – 500 ng) up to 1 kb in length. 这些新一代测序应用包括：

新一代测序低频突变检测，包括使用具有挑战性样品的检测，如福尔马林固定石蜡包埋样品和循环游离 DNA 样品
杂交捕获工作流程
单细胞分析
Whole-genome sequencing (WGS)
RNA-测序
扩增子测序
ChIP-测序、ATAC-测序和相关的表观遗传学应用
Illumina 与非 Illumina 样品制备工作流程

Equinox 尿嘧啶耐受文库扩增试剂盒有哪些主要应用？

亚硫酸氢盐转化 DNA 的扩增
受损 DNA 或含有修饰碱基模板的扩增

Equinox 文库扩增试剂盒中的酶是什么类型？

Equinox DNA 聚合酶是一种经过设计的 B 系列校对聚合酶变体，专门为新一代测序应用开发，以提供出色的保真度，均一序列覆盖和高文库复杂度。

Equinox 尿嘧啶耐受文库扩增试剂盒中的酶是什么类型？

Equinox 尿嘧啶耐受 DNA 聚合酶是一种专门设计利用含有尿嘧啶或其他修饰碱基的模板的专有校对聚合酶。与大多数 B 系列 DNA 聚合酶不同，它在遇到修饰残基时不会停止，从而实现亚硫酸氢盐转化 DNA 和受损 DNA 的高效扩增和高产率。

2 倍和 4 倍 Equinox 文库扩增预混液之间的区别是什么？

当使用 1 倍工作浓度时，Equinox 文库扩增预混液的 2 倍和 4 倍配方得到的酶、dNTP 和缓冲液组分的最终浓度相同。然而，当使用 4 倍试剂盒时，标准反应所需的预混液的体积减少 50%。这为稀释的模板留下了更大的空间。根据标准建议使用相同模板时，预期两种配方发挥的性能相同。

Equinox 文库扩增试剂盒可以扩增较长的模板吗？

Equinox 文库扩增试剂盒可以扩增长度最高 10 kb 的模板。我们证明了 >10 kb 的高效扩增；但是，我们建议进行额外的优化。

Equinox 尿嘧啶耐受文库扩增试剂盒可以扩增较长的模板吗？

Equinox Uracil Tolerant Library Amplification Kits can robustly amplify templates up to 10 kb in length. 我们证明了 >10 kb 的高效扩增；但是，我们建议进行额外的优化。

哪种热启动机制用于 Equinox 配方，效果如何？

一种高度优化的热启动抗体用于在最初变性（酶激活）步骤之前抑制聚合酶和外切酶活性。Equinox DNA 聚合酶在激活前对聚合酶和外切酶活性具有业界领先的抑制作用。

Equinox 文库扩增试剂盒的循环有哪些建议？

表 1：热循环程序设置

步骤	温度 (°C)	时间（秒）	循环
最初变性	98	45	1
变性	98	15	参见表 2
退火¹	60	30
延伸²	72	30
最终延伸	72	60	1
最终保持	4-12	保持	-

¹标准 Illumina® “P5”和“P7”引物的退火温度建议为 60°C。 (P5: AATGATACGGCGACCACCGA；P7： CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT）。对于其他扩增引物，应在退火温度梯度（55°C – 70°C）实验中凭经验确定最佳退火温度。

² 可以使用更长的扩展时间来确保更长插入文库的有效扩增。一次 30  秒扩展对于模式片段大小高达 500 bp 的库是足够的；对于模式片段大小 >500 bp 的文库，建议 45  秒扩展时间。每种应用的最佳条件可能需要通过经验来确定。

表 2：基于 DNA 输入推荐的 PCR 循环数

接头连接的 DNA (ng)	PCR 循环来生成：
接头连接的 DNA (ng)	40 nM 文库	1 µg 文库
500	1	2
100	3	4
50	4	5
10	7	8
5	8	9
1	11	12
0.5	12	13
0.1	15	16
0.01	18	19
0.001	22	23
0.0001	26	27

使用 Equinox 文库扩增试剂盒进行扩增时，建议的引物浓度是多少？

始终使用最终浓度相同（每个 0.5 至 2 µM）的正向引物和反向引物。最终浓度 0.5 µM 足以产生 500 ng 文库（对于平均片段长度为 400 bp 的文库，50 µL 反应的浓度约为 40 nM）。如果文库总产量必须超过 500  ng 或 40  nM，则使用 2 µM 的最终浓度。如果您需要更具体的引物建议，请联系 support@watchmakergenomics.com。

使用 Equinox 文库扩增试剂盒进行扩增时，建议的扩展时间是多少？

对于模式片段大小最高 500 bp 的文库，一次 30 秒的扩展就足够。可能需要更长的扩展时间来确保更长插入文库的有效扩增。

除了 NGS 文库扩增，您会推荐 Equinox 用于哪些应用？

Please contact support@watchmakergenomics.com to inquire about other Equinox polymerase variants/formulations optimized for other applications.

Do you offer custom formats?

Yes! Watchmaker offers customer fills, packaging, concentrations, and labeling – including private label – designed to meet your unique needs. We offer flexible terms to serve organizations of any size, and our right-sized processes enable rapid turnaround time on customization. Please contact sales@watchmakergenomics.com to learn more about our capabilities.

Are you ISO 13485-certified?

Yes! Our Quality Management System has achieved ISO 13485:2016 Certification. 我们的证书被授予设计、开发、制造、合同制造和支持在医学研究中的基因组学应用的高性能试剂。Download the certificate here.