Equinox 文库扩增试剂盒

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扩增的精度

Equinox® Library Amplification Kits deliver excellent fidelity, uniform sequence coverage, and high library complexity to specifically address the stringent demands of applications such as rare variant detection, circulating cell-free DNA (cfDNA) analysis, single-cell analysis, and hybridization capture. 试剂盒中含有独特设计的超高保真 DNA 聚合酶及经过优化的热启动 PCR 预混液，其专门针对高效、高保真和低偏好的 NGS 文库扩增。

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主要特点和优点

  • Increase overall assay sensitivity with ultra-high-fidelity amplification, reducing misincorporation events by up to 40%
  • Improve sequencing economy with highly uniform sequence coverage
  • Amplify libraries efficiently from a wide range of inputs (0.1 pg – 500 ng) and GC content (15% to 85%)
  • Enable low-input applications and automated workflows with a highly effective antibody-based hot start formulation
  • Compatibility with paramagnetic beads delivers robust performance in hybridization capture workflows
  • Amplify bisulfite-converted DNA with Equinox® Uracil Tolerant Library Amplification Kits
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现在观看：克服测序错误助力临床 DNA 和 RNA 应用

应用

  • 新一代测序低频突变检测，包括使用具有挑战性样品的检测，如福尔马林固定石蜡包埋样品和循环游离 DNA 样品
  • 杂交捕获工作流程
  • 单细胞分析
  • 全基因组测序
  • 扩增子测序
  • RNA-测序
  • ChIP-测序、ATAC-测序和相关的表观遗传学应用
  • Illumina 与非 Illumina 样品制备工作流程
Equinox 尿嘧啶耐受性文库扩增试剂盒特别设计用于扩增：

  • 亚硫酸氢盐转化 DNA
  • 受损的 DNA 样品或含有修饰碱基的模板

灵活的试剂盒配置

Equinox 文库扩增试剂盒专为新一代测序 (NGS) 文库的高效、高保真扩增而设计。这种即用型混合液包含优化的 PCR 缓冲液和热启动酶配方，能在广泛起始量和 GC 含量范围内进行最小偏差和误差的文库扩增，并在各种顺磁珠存在的情况下保持性能。
有三种不同的 Equinox 文库扩增试剂盒可供选择，每种试剂盒都提供或不提供扩增引物：

2 倍图标

2 倍图标

Equinox 文库扩增试剂盒含方便的 2 倍预混液的超高保真聚合酶，支持高灵敏度的应用。
4 倍图标

4 倍图标

Equinox HC（高浓度）文库扩增试剂盒提供了更高浓度的（4 倍）预混液，用于从更稀释的输入进行文库扩增反应
U+ 图标

U+ 图标

Equinox 尿嘧啶耐受文库扩增试剂盒能够扩增含尿嘧啶的模板，包括亚硫酸转化、脱氨或受损（例如福尔马林固定石蜡包埋）DNA

关键性能数据

使用 Equinox 进行库扩增实现罕见突变检测

保真扩增对灵敏应用至关重要。Equinox 是一种专有校对聚合酶，与 KAPA HiFi热启动预混液相比，能够将总聚合酶错误率降低 40%。这可最大限度地降低总体错误率并减少假变异的检出，从而实现高灵敏度的变异检测。C>T 替换的显著降低尤其重要，因为这种突变与甲基化胞嘧啶自发脱氨为尿嘧啶有关，也是癌症中最常见的突变类型之一。

‭‬图 1：总聚合酶错误率最多降低 40%。在 >9 百万碱基掺入事件下做 3 次重复 NGS 检测，分析 Equinox 扩增预混液及 KAPA HiFi 热启动预混液的碱基错配率。在 5.4 百万个 G/C 掺入事件和 4.0 百万个 A/T 掺入事件中，对碱基置换特征进行 3 次重复检查。Equinox 显示总体聚合酶错误率比 KAPA HiFi热启动预混液™ 低 40%。
使用 Equinox 进行库扩增实现罕见突变检测
‭‬图 1：总聚合酶错误率最多降低 40%。在 >9 百万碱基掺入事件下做 3 次重复 NGS 检测，分析 Equinox 扩增预混液及 KAPA HiFi 热启动预混液的碱基错配率。在 5.4 百万个 G/C 掺入事件和 4.0 百万个 A/T 掺入事件中，对碱基置换特征进行 3 次重复检查。Equinox 显示总体聚合酶错误率比 KAPA HiFi热启动预混液™ 低 40%。
图 1。总聚合酶错误率降低高达 40%。 在 >9 百万碱基掺入事件下做 3 次重复 NGS 检测，分析 Equinox 扩增预混液及 KAPA HiFi 热启动预混液的碱基错配率。在 5.4 百万个 G/C 掺入事件和 4.0 百万个 A/T 掺入事件中，对碱基置换特征进行 3 次重复检查。Equinox 显示总体聚合酶错误率比 KAPA HiFi热启动预混液™ 低 40%。
低偏好扩增实现独特分子标签系列的均一性覆盖

在 PCR 扩增之前，将独特分子标签（UMI；也称为分子条形码）添加到测序文库中，以实现准确的 PCR 重复的生物信息学鉴定，并改善低起始量应用中的变异检出。偏差扩增（其中少量分子优先扩增而牺牲其他分子）会导致独特分子标签中的不均匀表现。这产生大量无法进行误差校正的单一 UMI（系列仅由一次读取表现）。为了达到低丰度序列的覆盖要求，也可能需要提高覆盖深度，进行大量额外的测序。Equinox 能够实现均匀的独特分子标签序列的扩增，在平均 3 倍 UMI 序列的覆盖下，实现超过 75% 的所有读取覆盖（以及超过 90% 的 GC 含量为 25–75% 的读取覆盖）。

‭‬图 2A. 低偏差独特分子标签扩增。使用独特分子标签接头制备人类全基因组文库。使用 Equinox 文库扩增试剂盒、KAPA HiFi 热启动预混液或 NEB 2X Taq 预混液对数量有限的模板（由 qqPCR 定量的 80,000 个文库分子）进行 26 个文库扩增循环。在 Illumina®NovaSeq™ 仪器上进行测序，然后再取样数据至 9 百万个聚类。使用 Equinox，在平均系列深度的 3 倍范围内，全部读取系列的 >75% 得到了覆盖（读取系列的 >90%，GC 内容物在 25 – 75%）。“理想”（Ideal）线表示用 Poisson 分布建模的独特分子标签序列的完全均一覆盖。
‭‬图 2B: 独特分子标签系列覆盖影响误差校正。图片直观展示了在灵敏测序应用中使用独特分子标签时，“jackpotting”（即一小部分分子集的优先扩增）如何影响整体纠错能力。具有野生型 Taq 的某些分子的过度扩增导致对其他分子的覆盖不足。这减少了可校正误差的分子总数。
低偏好扩增实现独特分子标签系列的均一性覆盖
‭‬图 2A. 低偏差独特分子标签扩增。使用独特分子标签接头制备人类全基因组文库。使用 Equinox 文库扩增试剂盒、KAPA HiFi 热启动预混液或 NEB 2X Taq 预混液对数量有限的模板（由 qqPCR 定量的 80,000 个文库分子）进行 26 个文库扩增循环。在 Illumina®NovaSeq™ 仪器上进行测序，然后再取样数据至 9 百万个聚类。使用 Equinox，在平均系列深度的 3 倍范围内，全部读取系列的 >75% 得到了覆盖（读取系列的 >90%，GC 内容物在 25 – 75%）。“理想”（Ideal）线表示用 Poisson 分布建模的独特分子标签序列的完全均一覆盖。
图 2A. 低偏差独特分子标签扩增。 使用独特分子标签接头制备人类全基因组文库。使用 Equinox 文库扩增试剂盒、KAPA HiFi 热启动预混液或 NEB 2X Taq 预混液对数量有限的模板（由 qqPCR 定量的 80,000 个文库分子）进行 26 个文库扩增循环。在 Illumina®NovaSeq™ 仪器上进行测序，然后再取样数据至 9 百万个聚类。使用 Equinox，在平均系列深度的 3 倍范围内，全部读取系列的 >75% 得到了覆盖（读取系列的 >90%，GC 内容物在 25 – 75%）。“理想”（Ideal）线表示用 Poisson 分布建模的独特分子标签序列的完全均一覆盖。
‭‬图 2B: 独特分子标签系列覆盖影响误差校正。图片直观展示了在灵敏测序应用中使用独特分子标签时，“jackpotting”（即一小部分分子集的优先扩增）如何影响整体纠错能力。具有野生型 Taq 的某些分子的过度扩增导致对其他分子的覆盖不足。这减少了可校正误差的分子总数。
图 2B：独特分子标签系列覆盖影响误差校正。 图片直观展示了在灵敏测序应用中使用独特分子标签时，“jackpotting”（即一小部分分子集的优先扩增）如何影响整体纠错能力。具有野生型 Taq 的某些分子的过度扩增导致对其他分子的覆盖不足。这减少了可校正误差的分子总数。
有效的热启动配方可保障低输入应用和自动化工作流程

Equinox 扩增预混液具有高效的热启动抗体，可强烈抑制 5’→3’聚合酶和 3’→5’核酸外切酶活性。这减轻了引物和低输入样品的降解，并最大限度地减少了由非特异性扩增引起的假阳性，从而提高了自动化文库构建的灵敏度。

图 3. 改进的热启动功能。25°C 下分别持续监测 dNTP 的掺入和 dNMP 释放速率，比较 Equinox 聚合酶、KAPA HiFi 热启动 DNA 聚合酶和 NEBNext Q5 DNA 聚合酶的聚合酶活性以及核酸外切酶活性。抑制百分比为相较于各自非热启动配方的情况。
有效的热启动配方可保障低输入应用和自动化工作流程
图 3. 改进的热启动功能。25°C 下分别持续监测 dNTP 的掺入和 dNMP 释放速率，比较 Equinox 聚合酶、KAPA HiFi 热启动 DNA 聚合酶和 NEBNext Q5 DNA 聚合酶的聚合酶活性以及核酸外切酶活性。抑制百分比为相较于各自非热启动配方的情况。
图 3：改进的热启动功能。 25°C 下分别持续监测 dNTP 的掺入和 dNMP 释放速率，比较 Equinox 聚合酶、KAPA HiFi 热启动 DNA 聚合酶和 NEBNext Q5 DNA 聚合酶的聚合酶活性以及核酸外切酶活性。抑制百分比为相较于各自非热启动配方的情况。
高效扩增，减少偏好和失真

Equinox 的高效率文库扩增可以使用有限的循环数产生下游应用所需要的产量。即使要求产率 > 1µg，扩增效率也保持稳定。这最大限度的减少了如单样本杂交捕获等应用中和 PCR 相关的偏差和假阳性。

图 4. 高效文库扩增。使用 Equinox 文库扩增试剂盒、KAPA HiFi 热启动预混液和 NEBNext Ultra II Q5 预混液对人全基因组文库（每次反应 10 ng）重复扩增 0、2、4、6、8、10 或 12 个循环。在每 2 个 循环的间隔通过 qPCR 法对文库进行定量，确定产率。
高效扩增，减少偏好和失真
图 4. 高效文库扩增。使用 Equinox 文库扩增试剂盒、KAPA HiFi 热启动预混液和 NEBNext Ultra II Q5 预混液对人全基因组文库（每次反应 10 ng）重复扩增 0、2、4、6、8、10 或 12 个循环。在每 2 个 循环的间隔通过 qPCR 法对文库进行定量，确定产率。
图 4：高效文库扩增。 使用 Equinox 文库扩增试剂盒、KAPA HiFi 热启动预混液和 NEBNext Ultra II Q5 预混液对人全基因组文库（每次反应 10 ng）重复扩增 0、2、4、6、8、10 或 12 个循环。在每 2 个 循环的间隔通过 qPCR 法对文库进行定量，确定产率。
均匀扩增，提高测序经济性

在具有挑战性的条件下或使用具有挑战性的样品时，PCR 偏差会加剧。Equinox 可将引入的扩增偏差最小化，即使存在磁珠时下也是如此。受益于携带磁珠扩增，像杂交捕获等流程的操作方案可以更加简化。此外，Equinox 对复杂基因组可实现均匀的覆盖均一性，这可以减少实现预期覆盖深度所需的测序量。

‭‬图 5A. 存在磁珠时扩增的高度均一序列覆盖。在缺失或存在与新一代测序样品制备工作流程中常用的磁珠类型的情况下，使用 Equinox 文库扩增试剂盒对极少量（0.04 pg）连有接头的人类全基因组文库进行 26 个循环的扩增：AMPure XP 试剂（100 µL 浆液：用于反应纯化）或 Dynabeads™ M270 链霉亲和素微珠（500 µg；用于杂交捕获工作流程）。将覆盖数据标准化为未扩增文库的覆盖数据。蓝线表示局部加权平滑 (LOESS) 标准化覆盖，而红线表示每个 GC 含量窗口的密度。
‭‬图 5B. 存在磁珠时扩增的高度均一序列覆盖减少了丢失。使用混合微生物样品（由恶性疟原虫 [平均 %GC = 19.4] 和铜绿假单胞菌 [平均 %GC = 66.1] 的基因组 DNA 组成）制备文库，并在存在 AMPure XP 试剂或 Dynabeads™ M-270 链霉亲和素微珠的情况下使用 Equinox 文库扩增试剂盒或 KAPA HiFi 热启动预混液进行扩增。较低的 Equinox AT_DROPOUT 率（Picard 度量）表明，极端 AT 富集序列具有出色的扩增能力。两种聚合酶的 GC_DROPOUT 率都可以忽略不计。
均匀扩增，提高测序经济性
‭‬图 5A. 存在磁珠时扩增的高度均一序列覆盖。在缺失或存在与新一代测序样品制备工作流程中常用的磁珠类型的情况下，使用 Equinox 文库扩增试剂盒对极少量（0.04 pg）连有接头的人类全基因组文库进行 26 个循环的扩增：AMPure XP 试剂（100 µL 浆液：用于反应纯化）或 Dynabeads™ M270 链霉亲和素微珠（500 µg；用于杂交捕获工作流程）。将覆盖数据标准化为未扩增文库的覆盖数据。蓝线表示局部加权平滑 (LOESS) 标准化覆盖，而红线表示每个 GC 含量窗口的密度。
图 5A：存在磁珠时扩增的高度均一的序列覆盖。 在缺失或存在与新一代测序样品制备工作流程中常用的磁珠类型的情况下，使用 Equinox 文库扩增试剂盒对极少量（0.04 pg）连有接头的人类全基因组文库进行 26 个循环的扩增：AMPure XP 试剂（100 µL 浆液：用于反应纯化）或 Dynabeads™ M270 链霉亲和素微珠（500 µg；用于杂交捕获工作流程）。将覆盖数据标准化为未扩增文库的覆盖数据。蓝线表示局部加权平滑 (LOESS) 标准化覆盖，而红线表示每个 GC 含量窗口的密度。
‭‬图 5B. 存在磁珠时扩增的高度均一序列覆盖减少了丢失。使用混合微生物样品（由恶性疟原虫 [平均 %GC = 19.4] 和铜绿假单胞菌 [平均 %GC = 66.1] 的基因组 DNA 组成）制备文库，并在存在 AMPure XP 试剂或 Dynabeads™ M-270 链霉亲和素微珠的情况下使用 Equinox 文库扩增试剂盒或 KAPA HiFi 热启动预混液进行扩增。较低的 Equinox AT_DROPOUT 率（Picard 度量）表明，极端 AT 富集序列具有出色的扩增能力。两种聚合酶的 GC_DROPOUT 率都可以忽略不计。
图 5B. 存在磁珠时扩增的高度均一序列覆盖减少丢失。 使用混合微生物样品（由恶性疟原虫 [平均 %GC = 19.4] 和铜绿假单胞菌 [平均 %GC = 66.1] 的基因组 DNA 组成）制备文库，并在存在 AMPure XP 试剂或 Dynabeads™ M-270 链霉亲和素微珠的情况下使用 Equinox 文库扩增试剂盒或 KAPA HiFi 热启动预混液进行扩增。较低的 Equinox AT_DROPOUT 率（Picard 度量）表明，极端 AT 富集序列具有出色的扩增能力。两种聚合酶的 GC_DROPOUT 率都可以忽略不计。
含尿嘧啶模板的稳定扩增

许多校对（B 系列）聚合酶在响应尿嘧啶或 DNA 模板中其他修饰的碱基时停止复制。Equinox 尿嘧啶耐受的聚合酶是一种经过设计的可高效扩增含尿嘧啶模板的聚合酶。这确保了在表观遗传学应用中，可高效扩增亚硫酸氢盐处理的DNA，且最小化扩增偏差。

图 6. Equinox 尿嘧啶耐受文库扩增试剂盒有效扩增含尿嘧啶的模板。正如预期，Equinox 文库扩增试剂盒被含有尿嘧啶的引物抑制，而 Equinox 尿嘧啶耐受库扩增试剂盒在广泛的起始量中没有抑制作用。
含尿嘧啶模板的稳定扩增
图 6. Equinox 尿嘧啶耐受文库扩增试剂盒有效扩增含尿嘧啶的模板。正如预期，Equinox 文库扩增试剂盒被含有尿嘧啶的引物抑制，而 Equinox 尿嘧啶耐受库扩增试剂盒在广泛的起始量中没有抑制作用。
图 6. Equinox 尿嘧啶耐受文库扩增试剂盒有效扩增含尿嘧啶的模板。 正如预期，Equinox 文库扩增试剂盒被含有尿嘧啶的引物抑制，而 Equinox 尿嘧啶耐受库扩增试剂盒在广泛的起始量中没有抑制作用。
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