Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒

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规模准确性

Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒能够满足高灵敏度的临床检测和转化应用需求，从广泛类型的生物样品（包括超低起始量和福尔马林固定石蜡包埋）中获取有意义的见解，具有无与伦比的准确性和可扩展性。

利用酶法片段化的流程优势，该试剂盒的工作流程易于自动化、增强可扩展性、保存低起始量样品，同时减少人为的文库制备失真，包括假嵌合体和发夹序列等人为错误，这些失真可能会使变异检出分析复杂化。Further, use of the Equinox® polymerase delivers ultra-high-fidelity, low-bias library amplification.

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 主要特点和优点

现在可用

Watchmaker DNA 文库制备试剂盒

使用循环游离 DNA 等进行
高效文库制备。

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应用

  • 体细胞突变和其他低频突变的新一代测序检测，包括使用具有挑战性的样品检测，如福尔马林固定石蜡包埋样品
  • 遗传病测序
  • Human whole genome sequencing (WGS), including PCR-free
  • 全外显子组测序 (WES)
  • 单细胞分析
  • 体细胞突变和其他低频突变的新一代测序检测，包括使用具有挑战性的样品检测，如福尔马林固定石蜡包埋样品
  • 遗传病测序
  • Human whole genome sequencing (WGS), including PCR-free
  • 全外显子组测序 (WES)
  • 单细胞分析
  • 宏基因组分析
  • Bulk RNA 测序（使用 cDNA 起始）
  • 病毒基因组测序
  • 微生物全基因组测序
  • 宏基因组分析
  • Bulk RNA 测序（使用 cDNA 起始）
  • 病毒基因组测序
  • 微生物全基因组测序

工作流程

精简且易于自动化的工作流程。
图 1. 精简且易于自动化的工作流程。 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒大幅简化了文库构建的工作流程。通过整合酶切、末修（ FRAG / AT ）和即用型的连接反应模块，减少了手工操作时间，相比于广泛使用的同类产品（供应商 A ），流程更为高效。Watchmaker 试剂盒高度兼容各种自动化工作平台，试剂体积有足够富余，确保满足各种自动化建库工作流程所需。

关键性能数据

减少人为的序列错误和失真，实现高灵敏度的应用需求

Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒优化了许多与超声打断相关的难题，易于自动化且扩展性良好，同时还克服了传统酶法片段化流程的不足，大幅减少了人为的序列错误和失真，例如假嵌合序列和发夹序列引起的假 SNV 突变。这些人为的错误和失真可能干扰和影响样品中真正的结构突变和单核苷酸突变的检测，尤其是那些对灵敏度要求很高的测序应用，如低等位基因频率的变异检出1。

Thomas Gregory, Apollinaire Ngankeu, Shelley Orwick, Esko A Kautto, Jennifer A Woyach, John C Byrd, James S Blachly, Characterization and mitigation of fragmentation enzyme-induced dual stranded artifacts, NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 4, 2020 December, lqaa070, https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa070

‭‬图 2A. 减少嵌合序列有助于识别真正的结构变异。基于 1 ng 人类基因组 DNA 起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类试剂盒按照厂家使用说明，一式两份进行文库构建。同时制备超声打断文库作为对照。
‭‬图 2B. 减少发夹序列提高检测灵敏度。减少发夹序列提高检测灵敏度。基于 10、50 和 100 ng 的人类基因组 DNA 起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类试剂盒按照厂家使用说明，一式两份进行文库构建。另设置超声打断文库的对照，使用连接法 DNA 文库制备工作流程以及 1 ng 和 200 ng 人类基因组 DNA构建对照文库。柱状图代表用相应的工作流程从所有 DNA 起始物质中制备的重复文库的评估值的平均值，误差线代表标准差。
减少人为的序列错误和失真，实现高灵敏度的应用需求
‭‬图 2A. 减少嵌合序列有助于识别真正的结构变异。基于 1 ng 人类基因组 DNA 起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类试剂盒按照厂家使用说明，一式两份进行文库构建。同时制备超声打断文库作为对照。
图 2A。减少嵌合序列有助于识别真正的结构变异。 基于 1 ng 人类基因组 DNA 起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类试剂盒按照厂家使用说明，一式两份进行文库构建。同时制备超声打断文库作为对照。
‭‬图 2B. 减少发夹序列提高检测灵敏度。减少发夹序列提高检测灵敏度。基于 10、50 和 100 ng 的人类基因组 DNA 起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类试剂盒按照厂家使用说明，一式两份进行文库构建。另设置超声打断文库的对照，使用连接法 DNA 文库制备工作流程以及 1 ng 和 200 ng 人类基因组 DNA构建对照文库。柱状图代表用相应的工作流程从所有 DNA 起始物质中制备的重复文库的评估值的平均值，误差线代表标准差。
图 2B。减少发夹序列可提高检测灵敏度。 减少发夹序列提高检测灵敏度。 基于 10、50 和 100 ng 的人类基因组 DNA 起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类试剂盒按照厂家使用说明，一式两份进行文库构建。另设置超声打断文库的对照，使用连接法 DNA 文库制备工作流程以及 1 ng 和 200 ng 人类基因组 DNA构建对照文库。柱状图代表用相应的工作流程从所有 DNA 起始物质中制备的重复文库的评估值的平均值，误差线代表标准差。
超高保真度的扩增，提高检测精确度

Equinox 文库扩增预混液中包含了专有的校对聚合酶，被优化用于超高保真性文库扩增，相比其他广泛使用的高保真 PCR 热启动 DNA 聚合酶，可进一步减少40%的总体聚合酶错误率。这可最大限度地降低总体错误率并减少假变异的检出，从而实现高灵敏度的变异检测。C>T 替换的显著降低尤其重要，因为这种突变与甲基化胞嘧啶自发脱氨为尿嘧啶有关，也是癌症中最常见的突变类型之一。

图 3. 总聚合酶错误率最多降低 40%。Equinox 文库扩增预混液以及其他广泛使用的高保真扩增试剂盒的比较，使用同样的 NGS 检测，在独立的3次反应以及 >9 百万的碱基错掺事件中进行分析。在 5.4 百万个 G/C 掺入事件和 4.0 百万个 A/T 掺入事件中，对碱基置换特征进行 3 次重复检查。
超高保真度的扩增，提高检测精确度
图 3. 总聚合酶错误率最多降低 40%。Equinox 文库扩增预混液以及其他广泛使用的高保真扩增试剂盒的比较，使用同样的 NGS 检测，在独立的3次反应以及 >9 百万的碱基错掺事件中进行分析。在 5.4 百万个 G/C 掺入事件和 4.0 百万个 A/T 掺入事件中，对碱基置换特征进行 3 次重复检查。
图3，高达40%的总体聚合酶错误率的降低。 Equinox 文库扩增预混液以及其他广泛使用的高保真扩增试剂盒的比较，使用同样的 NGS 检测，在独立的3次反应以及 >9 百万的碱基错掺事件中进行分析。在 5.4 百万个 G/C 掺入事件和 4.0 百万个 A/T 掺入事件中，对碱基置换特征进行 3 次重复检查。
性能稳健，提高临床相关样品的适用性

临床相关样品的检测具有挑战性，历来不易重复与重现。当使用超声处理剪切基因组 DNA 时，极少的样品起始量会引起固有的样品损失的问题。福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样品虽然对肿瘤学研究至关重要，但由于固定过程的影响，通常会对样品造成重度破坏。Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒可提高这类挑战样品的文库质量，针对超低起始量和较差质量的样品，显示出极少量的接头二聚体污染，这可提高研究人员从序列数据中得出有意义的生物学解释的能力。

‭‬图 4A. 在 5,000 倍的 DNA 起始量范围内保持一致的片段化性能。将 500、10 和 0.1 ng 人类基因组 DNA 在 20°C 下片段化 30 分钟，一式两份构建文库。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布。
‭‬图 4B. 在广泛的样品质量范围内进行高效的文库制备。基于 25ng 高质量 DNA 或福尔马林固定的 DNA（模拟从中度损坏到重度损坏的样品，分别为 HD799 和 HD803；Horizon Discovery）起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类产品按照厂家使用说明，一式两份地构建文库。根据厂家的建议，选择高质量 DNA 的片段化时间，使目标文库片段大小达到约 500 bp（分别为 5、10、10分钟，37 ℃）。将低质量 DNA 样品的片段化时间固定为 10 分钟（在 37℃ 下）。所有文库均扩增 6 个 PCR 循环。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布和产率。
性能稳健，提高临床相关样品的适用性
‭‬图 4A. 在 5,000 倍的 DNA 起始量范围内保持一致的片段化性能。将 500、10 和 0.1 ng 人类基因组 DNA 在 20°C 下片段化 30 分钟，一式两份构建文库。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布。
图 4A。在 5000 倍的 DNA 起始量范围内保持一致的片段化性能。 将 500、10 和 0.1 ng 人类基因组 DNA 在 20°C 下片段化 30 分钟，一式两份构建文库。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布。
‭‬图 4B. 在广泛的样品质量范围内进行高效的文库制备。基于 25ng 高质量 DNA 或福尔马林固定的 DNA（模拟从中度损坏到重度损坏的样品，分别为 HD799 和 HD803；Horizon Discovery）起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类产品按照厂家使用说明，一式两份地构建文库。根据厂家的建议，选择高质量 DNA 的片段化时间，使目标文库片段大小达到约 500 bp（分别为 5、10、10分钟，37 ℃）。将低质量 DNA 样品的片段化时间固定为 10 分钟（在 37℃ 下）。所有文库均扩增 6 个 PCR 循环。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布和产率。
图 4B。在广泛的样品质量范围内进行高效的文库制备。 基于 25ng 高质量 DNA 或福尔马林固定的 DNA（模拟从中度损坏到重度损坏的样品，分别为 HD799 和 HD803；Horizon Discovery）起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类产品按照厂家使用说明，一式两份地构建文库。根据厂家的建议，选择高质量 DNA 的片段化时间，使目标文库片段大小达到约 500 bp（分别为 5、10、10分钟，37 ℃）。将低质量 DNA 样品的片段化时间固定为 10 分钟（在 37℃ 下）。所有文库均扩增 6 个 PCR 循环。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布和产率。
可调的片段化条件，确保广泛的应用兼容性

Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒通过反应时间和温度的调节，提供高度可调的 DNA 片段长度。这种可获得的广泛的文库分布范围可使文库制备工作流程与各种应用和测序读取长度需求广泛兼容。

图 5. 文库的大小可轻松地根据应用的特定需求进行调整。文库由 50 ng 人类基因组 DNA 起始构建。使用 30°C（3、5 和 15 分钟）和 37°C（30 分钟）的孵育温度进行片段化反应时间的滴定。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布。
可调的片段化条件，确保广泛的应用兼容性
图 5. 文库的大小可轻松地根据应用的特定需求进行调整。文库由 50 ng 人类基因组 DNA 起始构建。使用 30°C（3、5 和 15 分钟）和 37°C（30 分钟）的孵育温度进行片段化反应时间的滴定。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布。
图 5。文库的大小可轻松地根据应用的特定需求进行调整。文库由 50 ng 人类基因组 DNA 起始构建。使用 30°C（3、5 和 15 分钟）和 37°C（30 分钟）的孵育温度进行片段化反应时间的滴定。采用 TapeStation（Agilent）D1000 检测评估最终文库片段分布。
均一的序列覆盖，提高测序经济性

Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒对复杂的基因组样品提供出色的序列覆盖均一性表现。这可减少为达到所有相关区域的预期覆盖深度所需的总体的测序量，以及由此产生的相关成本。

图 6. 复杂基因组的均匀序列覆盖。基于 1ng 人类基因组 DNA 样品起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类产品按照厂家使用说明进行文库构建。
均一的序列覆盖，提高测序经济性
图 6. 复杂基因组的均匀序列覆盖。基于 1ng 人类基因组 DNA 样品起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类产品按照厂家使用说明进行文库构建。
图6。复杂基因组的均匀序列覆盖。基于 1ng 人类基因组 DNA 样品起始，使用 Watchmaker 酶法片段化 DNA 文库制备试剂盒以及另外两种广泛使用的同类产品按照厂家使用说明进行文库构建。
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